Progenomis®: γενωμική ανάλυση για υγιή παιδιά



Σε συνεργασία με την Genomis Ltd UK


Ανάλυση αλληλουχίας του DNA όλων των εξονίων 670 γονιδίων στο αναπαραγωγικό ζεύγος, σχετιζόμενα με εκατοντάδες σοβαρά υπολειπόμενα γενετικά νοσήματα




Το τεστ Progenomis® στηρίζεται στη γενωμική ανάλυση, μέσω μαζικής παράλληλης αλληλούχισης (massive parallel sequencing or next generation sequencing - NGS), του DNA περίπου 670 γονιδίων και στους δύο μέλλοντες γονείς, με σκοπό την πρόληψη εκατοντάδων υπολειπόμενων γενετικών νοσημάτων, σε μία αθροιστική συχνότητα 1/200 εως 1/300 νεογέννητα (βλέπε λίστα με τα νοσήματα και τα γονίδια). Ο αριθμός των γονιδίων που παρουσιάζονται στο παράρτημα και τα αντίστοιχα νοσήματα μπορεί να επεκταθεί στο μέλλον.

PROGENOMIS GENES AND DISEASE LIST GREEK.pdf

Η αποκάλυψη γνωστής παθολογικής μετάλλαξης ή νέας υποχρεωτικά παθολογικής μετάλλαξης σε ένα από τα 670 γονίδια προσφέρει πολύτιμη αναπαραγωγική πληροφορία για συγκεκριμένους κινδύνους που έχουν δύο μέλλοντες γονείς να αποκτήσουν πάσχον παιδί, στην περίπτωση που και οι δύο έχουν μεταλλάξεις σε κοινά γονίδια, ή αν μόνο η μητέρα αποδειχθεί φορέας φυλοσύνδετης μετάλλαξης.

Εννοείται ότι η γνώση ύπαρξης μεταλλάξεων σε κοινά γονίδια σε δύο μελλοντικούς γονείς προσφέρει τη δυνατότητα αποτελεσματικών αναπαραγωγικών λύσεων, όπως ο προγεννητικός έλεγχος ή ο προεμφυτευτικός έλεγχος μέσω εξωσωματικής γονιμοποίησης, αποφεύγοντας έτσι τη γέννηση πάσχοντος παιδιού.



Η στοχευμένη εξέταση φορέων στον γενικό πληθυσμό για μονογονιδιακές παθήσεις δεν είναι κάτι νέο. Για παράδειγμα, εξέταση φορέων κυστικής ίνωσης (με συχνότητα γεννήσεων περίπου 1/2500), είναι πλέον μία κοινή πρακτική για τις περισσότερες χώρες-πληθυσμούς, ενώ η ανάλυση φορέων για νοσήματα που αφορούν ειδικούς πληθυσμούς εφαρμόζεται συχνά (όπως για τους Εβραίους Ashkenazi τα νοσήματα Tay-Sach's, Canavan, Nieman Pick Type A, σύνδρομο Bloom και νόσος Gaucher).

Tυπικά, οι φορείς για οποιαδήποτε από τα περίπου 670 σοβαρά υπολειπόμενα γενετικά νοσήματα που περιλαμβάνονται στο τεστ Progenomis® pan-ethnic couple screen, είναι υγιή και ασυμπτωματικά άτομα και επιπλέον, λόγω της φύσης της κληρονομικότητας των νοσημάτων αυτών, συνήθως οι οικογένειες και από τις δύο πλευρές δεν έχουν άλλα πάσχοντα άτομα και ο μόνος τρόπος για να διαπιστώσουμε την τυχόν ύπαρξη παθολογικών μεταλλάξεων σε κοινά γονίδια σε ένα ζευγάρι γονέων είναι μέχρι τώρα η γέννηση ενός πάσχοντος παιδιού.

Το τεστ Progenomis® εφαρμοζόμενο στο μέλλον ευρέως στους διάφορους πληθυσμούς, θα συμβάλλει αποφασιστικά στη μείωση πασχόντων παιδιών από σοβαρά νοσήματα με υπολειπόμενη ή φυλοσύνδετη κληρονομικότητα.

Η πρώτερη γνώση από ένα ζευγάρι μελλοντικών γονέων ότι είναι και οι δύο φορείς ενός νοσήματος, μετά την εφαρμογή της εξέτασης Progenomis®, επιτρέπει βέβαια με απόλυτη ασφάλεια το σχεδιασμό αναπαραγωγικών στρατηγικών και λύσεων, όπως ο προγεννητικός έλεγχος ή ο προεμφυτευτικός έλεγχος μέσω εξωσωματικής γονιμοποίησης, αποφεύγοντας έτσι την γέννηση πάσχοντος παιδιού.

Η εκτέλεση της εξέτασης βασίζεται σε προσωποποιημένη επαφή ιατρών γενετιστών της Genomis και της InterGenetics με το υποψήφιο εξεταζόμενο ζευγάρι, που αφού πληροφορηθεί και αποδεδειγμένα κατανοήσει τη φύση, τους σκοπούς και τους περιορισμούς της εξέτασης, δίνει την έγγραφη συγκατάθεσή του (informed consent). Μετά το τέλος της εξέτασης δίνεται στους εξεταζόμενους η έκθεση αποτελεσμάτων, που περιλαμβάνει όλα τα ευρήματα και τις συστάσεις για ασφαλείς αναπαραγωγικές λύσεις.

Η εξέταση απαιτεί δείγμα βιολογικού υλικού από τα άτομα τα οποία εξετάζονται. Το δείγμα αποστέλλεται στο εργαστήριο, όπου γίνεται η εξαγωγή DNA, ο εμπλουτισμός των εξονίων των περίπου 670 γονιδίων και η ανάλυση της αλληλουχίας του DNA με την μέθοδο NGS (Next Generation Sequencing). Οι αλληλουχίες χαρτογραφούνται σε σχέση με το πρότυπο ανθρώπινο γονιδίωμα και όλες οι αλλαγές-μεταλλάξεις εντοπίζονται και αξιολογούνται μέσω ειδικά ανεπτυγμένου λογισμικού βιοπληροφορικής.

Μόνο γνωστές παθολογικές μεταλλάξεις ή νέες υποχρεωτικά παθολογικές μεταλλάξεις (nonsense, frameshift, splice-site), θα αναφέρονται στην έκθεση αποτελεσμάτων μαζί με μία κλινική αξιολόγηση και κλινική γενετική εκτίμηση.

Επίσης ελέγχεται με τη τεχνική MLPA η πιθανή παρουσία ελλείψεων ή διπλασιασμών των γονιδίων SMN1 και DMD, που συνδέονται με τα γενετικά νοσήματα Spinal Muscular Atrophy ‐ SMA (OMIM 253300) και Duchenne/Becker muscular dystrophy (DMD/BMD ‐ OMIM 310200). Tέλος, στα θήλεα άτομα μόνο, εκτελείται κι έλεγχος φορέα για το σύνδρομο του Εύθραυστου Χ (FRAXA).

Σε περιστατικά με παθολογικά ευρήματα προσφέρεται γενετική συμβουλευτική, είτε διά ζώσης είτε ηλεκτρονικά (οnline), στα πλαίσια της οποίας συζητούνται τα δεδομένα, η σημασία τους και οι αναγκαίες προληπτικές ενέργειες.


Περιορισμοί του τεστ

Τα αποτελέσματα αξιολογούνται με βάση τις τρέχουσες επιστημονικές γνώσεις.

Η ανάλυση των παραπάνω γονιδίων με τη συγκεκριμένη μεθοδολογία δεν καλύπτει υποχρεωτικά όλες τις πιθανές παθολογικές μεταλλάξεις του κάθε γονιδίου/νοσήματος.Γενικά, καλύπτονται σε μεγάλο ποσοστό (~95%) μεταλλάξεις στα εξόνια‐κωδικοποιούσες περιοχές των γονιδίων, ενώ καλύπτονται πολύ λιγότερο έως καθόλου μεταλλάξεις στις μη‐κωδικοποιούσες περιοχές‐ιντρόνια.

Ένα αρνητικό αποτέλεσμα δεν αποκλείει τελείως την παρουσία μιας παθογόνου μετάλλαξης στους απογόνους, που μπορεί να προκύψει από σπάνια γεγονότα, όπως π.χ. μια de novo μετάλλαξη ή την παρουσία γοναδικού μωσαϊκισμού για μια μετάλλαξη σε κάποιο γονέα.


Η InterGenetics έχει πιστοποιηθεί ως Ion Torrent™ Certified Service Provider for Ion AmpliSeq sequencing στην πλατφόρμα Ion Proton.